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日本チームのデータベース

特徴

  • 日本チームで作成した塩基配列のデータは、バイオサイエンスデータベースセンターで審査を受け、その上で登録・公開されます。個人が特定される情報は公開されません。
  • 日本チームが作成した標準エピゲノムデータはIHECにも登録され、IHECデータポータルサイトから利用できます。(IHEC Data Portal

Webブラウザ

CREST/IHEC Japan Epigenome Databaseを利用するためのWebブラウザを構築しています。

体制

開発状況

現在、一部の解析データをもとに、下記のデータベース構築を進めています。

  • エピゲノムデータカタログ(開発者:産総研・光山統泰)
    細胞種-実験別一覧画面:http://epigenome.cbrc.jp/ihec/matrix
  • GENBOREE ワークベンチ(提供:産総研・光山統泰)
    Genboree ワークベンチ(開発:Alex Milosavljevic, Ph.D., Baylor College of Medicine)は、エピゲノムデータの視覚化や手軽な解析ツール(クラスタリング等)を提供するウェブアプリケーションである。産総研にGenboreeサーバーを立ち上げており、日本と米国グループの間で自動的なデータ共有が可能となっている。
    トップページ:http://genboree.cbrc.jp/  ※登録必要
  • JHEC GB(開発者:東京大学・鈴木)
    日本独自のデータ投入・解析に柔軟に対応するデータベース。日本人正常肝組織由来のエピゲノム情報を収載。遺伝子発現データとの関連性に関する統合解析機能を強化。
    トップページ(仮URL):http://dbtss.hgc.jp/jhec/